Im Mittelpunkt des Spiels steht Junpei, ein Junge, dessen Leben sich plötzlich verändert, nachdem sein Vater ihn in ein Internat voller Regeln einschreibt: die School for Handsome Boys. Dort trifft er auf eine Reihe junger Menschen voller Geheimnisse. Das Gameplay folgt auch Yuki, Junpeis Jugendfreund. Er lernt nicht an derselben Schule, aber während er alles tut, um ihn wiederzufinden, macht er sich auf die Suche nach den verborgenen Gründen, die zu Junpeis Versetzung geführt haben.
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